Navnet Tunø stammer fra det oldnordiske Thund som betyder forhøjning eller svulmen og henviser til synet af øen på afstand. Arkæologiske fund omkring øen fortæller, at Tunø har været beboet siden 2.500 f.Kr.

Tunø nævnes første gang i 1216, da Valdemar Sejr bytter eller mageskifter øen "Thund" med biskoppen i Århus. Øens egeskov forsyner domkirkebyggeriet i Aarhus med tømmer. I stedet for at betale skat til kongen bliver Tunboerne pålagt en årligt skat på 1000 flyndere. Senere blev Tunø udskilt fra Århus Stift og beboerne købte selv øen.

Tunboerne har gennem tiderne hovedsageligt ernæret sig ved landbrug og lidt fiskeri, men mange har også tjent til livets ophold som sømænd på fragtskibe i både indenrigs- og udenrigsfart. Derimod er det kun ganske få tunboere, der har været selvstændige skippere eller haft del i et fartøj. En del tunboer har endvidere haft arbejde i de store egeskove, som dækkede store dele af øen.

Tunø By kan dateres helt tilbage til 1100-tallet, men i 1852 brændte næsten alle huse og gårde i den tæt sammenbyggede landsby, derfor er de fleste af husene kun ca. 150 år gamle og de fleste af gårdene blev genopbygget ude ved markerne. Midt i byen er der rejst en sten til minde om den store brand.

1921 havde øen 225 indbyggere og der var mejeri, skole med elever på alle alderstrin, posthus, smedie, to købmænd, brugsforening, vandværk med vandtårn, en nyanlagt havn, to motordrevne møller samt en fastboende præst og der var mens den nu nedlagte DSB færgerute Kalundborg-Samsø-Århus eksisterede, også færgeforbindelse med Sjælland. I farvandet imellem Tunø og Samsø sagtnede DSB-færgen farten, mens en lille kutter fra Tunø lagde op til siden af færgen. Via en luge på den store færges vogndæk blev passagerer og fragt overført til Tunøbåden.

I 1990erne blev der bygget ældreboliger med et tilknyttet sundhedscenter.

Tunø milde klima giver den en afvekslende natur. Før i tiden var (Tunø, betyder den todelte ø) delt i to øer. Lavningen mellem de to tidlige øer blev i 1850erne plantet til med skov.

Landskabet veksler mellem strande, vandhuller, klinter, skov og landbrug som hovedsagelig er baseret på grøntsagsproduktion. Bakkerne er moræne og drumlinbakker og lavningen er marint dannet. Det højeste punkt er den 24 meter høje bakke "Bjerget". Mod øst har nedbrydningsmateriale fra klintekysterne aflejret sig i Revet.

Øen er inddelt i områderne: Mosen, Nørreklint, Revet, Stenkalven, Sønderklint, Tunø by, Tunø Røn (sandodde i den østlige ende). Vest for øen ligger sandbanken Tunø Knob, hvor der er bygget en vindmøllepark med 10 500 kilowatt møller. Undersøgelser har vist at møllerne ikke generer dyrelivet i området.

Øen har ikke meget strandeng eller fladvand og derfor også et begrænset fugliv med kun 17 vadefuglearter. Ca. 50-70 par tejster, har siden 1950 bygget redegange i klinterne. Ved klinterne yngler ca. 30 par stormmåger.

Af padder er de mest almindelige lille vandsalamander og grønbroget tudse. Af vildt er der rådyr, fasan, agerhøne og hare.

Langs Sønderklint og på sandrevet Tunø Knob kan der observeres sæler og omkring øen ses hyppigt marsvin.

Ved klinterne vokser der horsetidsel, stenurt, rød arve og lægeoksetunge.

Af strandplanter er der bl.a. kruset skræppe, strandkål, strandarve marehalm, cikori, lidenklokke, gederams, hedelyng og musevikke.